Theo Nghị định 63, mức thu phí bảo vệ môi trường đối với các loại quặng chì, kẽm, thiếc là 180.000 đồng/tấn; đối với các loại quặng mangan, sắt, đồng, bô xít, cromit khoảng từ 30.000-40.000 đồng/tấn; đối với các loại quặng khoáng sản kim loại khác (trong đó có quặng khoáng sản vàng) là 10.000 đồng/tấn.
Về vấn đề này, quan điểm của Bộ Tài chính là trong hoạt động khai thác quặng vàng có khả năng gây ô nhiễm và độc hại cao hơn các loại quặng khoáng sản khác. Theo các tài liệu, ở Việt Nam hiện có khoảng 500 mỏ và điểm quặng sa khoáng vàng, trong đó có khoảng 30 mỏ, điểm quặng đã được khai thác. Hàm lượng vàng trong các mỏ, điểm quặng thường thấp. Các điểm được khai thác với các hình thức khác nhau, chủ yếu theo hình thức thủ công nên gây ảnh hưởng lớn đến môi trường sinh thái, đặc biệt là môi trường các lòng sông, suối.
Một số địa phương (như Quảng Nam, Lào Cai) cho rằng mức thu phí như vậy là không hợp lý, vì khai thác quặng vàng có khả năng gây ô nhiễm và độc hại cao, trong khi áp dụng mức thu như nêu trên là quá thấp.
Tuy nhiên, với mức thu phí bảo vệ môi trường đối với khai thác quặng vàng như hiện nay là 10.000 đồng/tấn quặng là quá thấp và không đủ trang trải chi phí cho việc khắc phục hậu quả môi trường. Đồng thời, mức phí này chưa thể hiện sự công bằng, hợp lý so với mức thu các loại khoáng sản kim loại khác.
So sánh với giá vàng hiện nay khoảng 35-36 triệu đồng/lượng, tương đương khoảng 900.000 đồng/gam vàng thì mức thu phí trên chỉ chiếm khoảng 1,5-2% giá vàng thành phẩm và thấp hơn nhiều so với tỷ lệ phí bảo vệ môi trường/giá bán của các loại khoáng sản khác như sắt là 7,5%; chì là 22,5%.
Để giải quyết sự bất hợp lý nêu trên, Bộ Tài chính trình Chính phủ quy định việc điều chỉnh mức thu phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản vàng lên mức tương đương với một số loại khoáng sản như sắt, cromit là 40.000 đồng/tấn. Theo Bộ Tài chính, mức thu phí này chiếm khoảng 8%-9% giá vàng thành phẩm hiện nay.
